Yonder speelt zich af op het grote eiland van Gemea, een waar paradijs met acht verschillende omgevingen. Aan de ene kant van het eiland sta je op tropische stranden om vervolgens een grote sneeuwvlakte te ontdekken. Elke locatie heeft zijn eigen flora en fauna en seizoenen, daarnaast is er ook altijd een dag-nacht cyclus. Gemea ziet er uit als een paradijs, maar er schuilt een groot kwaad op het eiland.

Als de held ontdek jij Gemea, ga op avontuur en ontdek alle geheimen van het eiland. Je zult teams vormen samen met Sprites om zo Gemea en zijn inwoners te redden van het mysterieuze kwaad.